Sous l’occupation, Jean-François Colin est charcutier à Brest, au 20 rue Louis Pasteur. Mi mars 1943, il change d’emploi et devient marin de commerce pour la société Les Abeilles à Brest. En juin, Jean-François est requis pour le Service du Travail Obligatoire (S.T.O). Réfractaire à l’idée de travailler en Allemagne, il se cache successivement à Kerninon en Brélès et Kerabeugan à Ploudalmézeau jusqu’au début d’août 1944.

C’est en novembre 1943, alors qu’il est déjà réfractaire au S.T.O, que Jean-François Colin intègre la résistance du canton de Ploudalmézeau. Il sert d’abord d’agent de liaison et de distribution de la presse clandestine. Puis en 1944, n’ayant jamais touché une arme, il participe à l’instruction militaire qui se déroule régulièrement les dimanches matin. Dans la nuit du 2 au 3 août 1944, il participe à la réception du parachutage d’armes au moulin de Pont-Ours à Plouguin. Le 4, il prend le maquis à Tréouergat sur ordre de ses supérieurs. Engagé volontaire dans le Bataillon F.F.I de Ploudalmézeau, il est affecté à la 1ère Compagnie FFI de Ploudalmézeau, Section 1, Groupe 1.

Composition de son groupe de combat :
– ADAM François
– BIZIEN Henri (tué le 15 septembre)
– BRIS Eugène
– COLIN Jean
– COLIN Yves (son frère)
– DERRIEN André
– HUET François
– JAOUEN Yves
– KERLEROUX François
– KÉRRÉNEUR René
– LE CORRE Mathieu (chef de groupe)
– MÉRIEN Corentin
– MÉRIEN Joseph
– WIMEL Louis

Avec son unité, Jean-François Colin participe à la libération du canton de Ploudalmézeau et à la réduction de la poche allemande du Conquet. Les combats se terminent le 10 septembre 1944 après la reddition de la presqu’île de Kermorvan et d’Illien. Sa compagnie est alors affectée au nettoyage des zones de combats et des anciennes positions allemandes. Le 15 septembre, alors qu’il se trouve à la pointe des Renards il est blessé, par l’éclatement d’une mine, à l’avant-bras droit, à la fesse droite ainsi qu’à la paroi thoracique. Cette même explosion tue sur le coup son camarade F.F.I Henri Bizien et blesse dix autres F.F.I dont une bonne partie de leur groupe. Pris en charge par le médecin F.F.I Marcel Jézequel, le blessé est dirigé immédiatement à l’hôpital de campagne américain à Plouguin. Il est ensuite transféré à l’hôpital de Landerneau jusqu’au 28 septembre 1944. Jean-François est alors mis en convalescence jusqu’au 18 octobre.

Une fois requinqué, il s’engage volontairement en octobre dans l’armée pour la durée de la guerre. Il retourne à la vie civile le 23 novembre 1945 et reprend son activité de marin de commerce. Pour son engagement dans les F.F.I, il reçoit la Croix de Guerre 1939-1945, avec étoile de bronze.