Jean-Pierre Guéguen, sa sœur Yvonne et ses frères André et Goulven, sont les enfants d’une ménagère et d’un cultivateur établis à Keremma en Tréflez. Trop jeune pour être mobilisé à la déclaration de la Seconde Guerre mondiale, il est apprenti sous l’occupation allemande. Il quitte la région bretonne pour se rendre en Zone libre afin d’intégrer l’École des mécaniciens de la Marine nationale de Toulon à la mi mai 1941. Après le sabordage de la flotte à Toulon, il est mis en congés d’Armistice et rendu à la vie civile. Le Tréflézien regagne alors le secteur de Lesneven.

Sa date d’entrée dans la Résistance ou les Forces françaises de l’intérieur (F.F.I) n’est pas clairement établie. Cependant, Jean-Pierre Guéguen indique avoir été recruté par Jean Larvor, probablement en juillet 1944. Le volontaire est alors affecté au 1er Groupe de la Compagnie F.F.I de Lesneven.

Composition du groupe :
 ABAUTRET Eugène
 ABAUTRET Jean (Chef de groupe)
 ABAUTRET Léon
 ABAUTRET Pierre
 BÉCAM Paul
 CANN Guy
 CARO Laurent
 CROUTE Joseph
 GUÉGUEN Jean
 JACOPIN Fernand
 LAVOCAT Marcel
 LE GALL Marcel
 LE MOAL Mathieu
 LÉOCAT Eugène
 MASSON Mathieu
 MOYSAN Jean
 ROUDAUT Jean

Avec son unité, Jean-Pierre Guéguen participe aux opérations militaires de Libération du secteur de Lesneven avant d’être déployé plus à l’ouest, pour la réduction de la poche allemande du Conquet jusqu’au 10 septembre 1944.

Après la libération du secteur, Jean-Pierre Guéguen est réintégré dans la Marine nationale et affecté en novembre 1944 à bord du cuirassé Richelieu. Il y restera à son bord jusqu’en juillet 1946, date de son retour à la vie civile. Il devient alors artisan à Landivisiau et se marie en 1948.